3 Les différents éléments naturels  
 
3.1 L’aquatique  
 
3.1.1 L’étang 
 
Dès les premiers jardins, l'étang en faisait partie intégrante. Constitué de vastes étendues d'eau au début, il était parcouru en barque. Par après, il a évolué en jardin-promenade. A l'époque Momoyama, il était surtout admiré d'un point fixe de l'habitation. 
 
3.1.2 Les sources et les cascades 
 
Le Sakutei-ki dénombrait déjà une multitude de types différents de cascades. Une forme "sèche", donc symbolique, simulée par des rochers, a même vu le jour avec le second type de jardin japonais. 
 
3.2 Les minéraux 
 
Quand on sait que 70 pourcents du Japon est constitué de montagnes, il n'est pas étonnant que le minéral ait une place prépondérante dans les jardins japonais. 
 
3.2.1 La montagne  
 
Le mont Shumi, issu de la cosmologie hindouiste, était considéré comme le centre du monde. Il est souvent symbolisé par une pierre dressée isolément, parfois entourée d'autres pierres plus petites. Le panorama du Tokaido, itinéraire entre Tokyo et Kyoto passant devant le mont Fuji a aussi servi de base d'élaboration d'un magnifique grand jardin-promenade à Kumamoto. Des monts artificiels peuvent être façonnés avec de la terre. 
 
3.2.2 Les pierres 
 
Lors d'une représentation en miniature du monde, l'enrochement autours d'une pièce d'eau symbolise généralement les falaises bordant la mer. Quand elles sont mises en évidence sur un tapis de gravier blanc par exemple, dans une recherche d'équilibre, elles sont généralement alors associées par nombre impair (3 5 7). Elles peuvent être une référence à la triade bouddhique mais aussi servir d'autres représentations symboliques comme ci-dessous. Des galets peuvent aussi donner l'illusion d'un ruisseau, voire d'une rivière ... du sable ou du gravier ratissé ... celle d'une mer avec des vagues ... 
 
3.2.3 Les îles 
 
Les îles des bienheureux, appelées parfois aussi îles des immortels, sont issues de la mythologie taoïste. Elles sont au nombre de 5. Une d'entre elle peut représenter le mont Horai, d'autres les iles aux grues ou aux tortues, symboles de longévité.